정렬도구 Bowtie, BWA의 결과 파일인 SAM파일을 필터링 하기 위하여 사전에 SAM 포맷의 구조에 대해 알아보기 위한 TR이다. 또한 필터링시 Junction 정보가 저장되어 있는 Anotation 파일인 BED 포맷 또한 SAM 포맷과 함께 필터링 모듈에 입력으로 사용될 예정이므로 BED 포맷 구조 또한 알아본다.